ООО «ТомИУС-ПРОЕКТ» создано в декабре 1994 года сотрудниками кафедры "Электроника и автоматика физических установок" Физико-технического факультета Томского политехнического университета (ТПУ) по инициативе и при участии партнеров из Объединенной экспедиции «Луч» (г. Семипалатинск-21, Республика Казахстан) с целью внедрения научных разработок и инновационных проектов в области автоматизации экспериментальных исследований и технологических процессов, а также обеспечения коммерческой поддержки процессов конверсии предприятий Министерства среднего машиностроения Семипалатинского испытательного полигона. Направления и вид деятельности определялись названием – это проектная и внедренческая деятельность в области Информационно-Управляющих Систем (ИУС).

Основной отраслью промышленности, для которой фирмой выполняются разработки, является атомная энергетика. Кроме этого, за время существования компании выполнен и внедрен ряд конверсионных проектов в пищевой, химической, цементной и других отраслях промышленности: Автоматизированная система управления технологическим процессом Алейского сахарного завода (г. Алейск, Алтайский край), Система тепловизионного контроля обжиговых печей Семипалатинского цементного завода (г. Семей, Восточно-Казахстанская обл.), Система диспетчерского контроля и управления птицефабрики госхоза "Колпашевский" (г. Колпашево, Томская область), Автоматизированная система управления химическим процессом производства глиоксаля (г. Томск).

На протяжении всего своего существования ТомИУС-ПРОЕКТ выполняет работы по заказу предприятий, расположенных на территории бывшего Семипалатинского испытательного ядерного полигона, таких как Национальный ядерный центр Республики Казахстан и Институт Атомной Энергии . В частности, начиная с 2003 года ТомИУС-ПРОЕКТ совместно с предприятиями Казахстана и России участвует в создании Казахстанского материаловедческого Токамака (КТМ), выполняя проектные работы и осуществляя поставку оборудования и программного обеспечения для Системы автоматизации экспериментов на токамаке. Фирмой выполнена поставка оборудования и ПО для:

• управления технологическим процессом подготовки Токамака к разрядам;
• управления плазмой;
• синхронизации и защиты комплекса;
• управления системой импульсного питания мощностью 120 МВт;
• информационно-измерительной системы Токамака.

    С 2014 г. в кооперации с томской фирмой "Химсофт" начаты совместные работы по созданию программно-технических средств  систем контроля и управления водно-химических режимов энергоблоков для строящихся атомных станций.

1994 г., декабрь
Внедрение АСУТП на Алейском сахарном заводе.

1995 г., январь
Заключение дилерского соглашения с фирмой AdAstrA Reaserch Group Ltd (г. Москва), отечественного разработчика программного обеспечения систем автоматизации производства мирового уровня под торговой маркой TRACE MODE.

1995 г., май
Завоевано 1-е место в конкурсе статей и докладов на конференции «Разработка АСУТП в системе TRACE MODE» (г. Москва) за проект системы тепловизионного контроля обжиговых печей цементного производства.

1996 г., март
При участии фирмы начато создание лаборатории по автоматизации технологических процессов и исследований на кафедре "Электроника и Автоматика физических установок" Физико-технического факультета ТПУ.

1996 г., апрель
Участие в выставке «Томск-Компьютер 96»; завоевана большая золотая медаль выставки «За оригинальное комплексное решение задачи создания АСУ технологическим процессом».

1996 г., ноябрь
Завершено при участии фирмы создание локальной вычислительной сети (ЛВС) Физико-технического факультета ТПУ с доступом в сеть Интернет и настройкой электронной почты.

1998 г., март
Внедрена система диспетчерского контроля и управления на Колпашевской птицефабрике с общим количеством измерительных каналов более 3500 шт.

1999 г., декабрь
В ТПУ завершен проект "Создание лабораторной базы для внедрения информационных технологий в преподавание инженерных дисциплин в области систем сбора данных и управления" по программе КПР2000. При участии фирмы организован учебный курс «Современные компьютерные технологии».

1999 г., декабрь
ООО «ТомИУС-ПРОЕКТ» зарегистрировано как участник внешнеэкономической деятельности.

1999 г., декабрь
Осуществлена первая экспортная поставка наукоемкой продукции в Институт Атомной Энергии (г. Курчатов, Республика Казахстан).

2000 г., май
Получен диплом 1-й степени за лучший доклад на Всероссийской конференции «Материалы и технологии XXI века» в г. Бийске.

2003 г., май
Заключен первый внешнеэкономический контракт с казахстанской компанией на разработку проектной документации.

2005 г., декабрь
Получена лицензия на осуществление деятельности по проектированию зданий и сооружений Госстроя России.

2005 г., декабрь
Проведена первая прямая закупка высокотехнологичного микроэлектронного оборудования американской компании Acromag.

2006 г., декабрь
Выполнена поставка ряда систем и устройств для автоматизации экспериментального комплекса КТМ (строительная площадка в г. Курчатов, Республика Казахстан.

2007 г., октябрь
Получена лицензия Госстроя России на осуществление монтажных и пусконаладочных работ.

2008 г., февраль
Предприятие ТомИУС-ПРОЕКТ награждено дипломом лауреата премии «За обустройство Земли Российской» в номинации «За вклад в реализацию приоритетных национальных проектов РФ».

2009 г., март
Выполнена поставка для томского инновационного предприятия «Новохим» современного программно-аппаратного комплекса для управления химическим производством глиоксаля.

2009 г., апрель 
Получено свидетельство на Товарный знак фирмы (знак обслуживания) за № 379246.  

2012 г., февраль
Начало проектных работ по разработке рабочей документации АСУ КИМ "Виктория" и АСУ СИЭП в рамках темы "Техническое перевооружение экспериментальной термоядерной установки токамак Т-15"

2012 г., октябрь
ООО «ТомИУС-ПРОЕКТ» стал членом СРО "Объединение инженеров проектировщиков" (Свидетельство № П.037.70.6434.10.2012)

2016 г., май

ООО «ТомИУС-ПРОЕКТ» стал членом СРО "Объединение инженеров строителей" (Свидетельство № С.055.70.14350.05.2016)